Sekolah Tinggi Ilmu Kesehatan berdiri tahun 2009 STIKes Yogyakarta mempunyai 2 (dua) ijin operasional program studi yaitu: Diploma Tiga Kebidanan dan Sarjana Keperawatan dengan SK Ijin Operasional Dirjen Dikti No. 86/DO/2009 tertanggal 22 Juni 2009, berlokasi di Jalan Nitikan Baru No.69 Yogyakarta. Pada Tahun 2021 ini, STIKes Yogyakarta telah mempunyai 6 (enam) program studi, yaitu: program studi Diploma Tiga Kebidanan, program studi Sarjana Keperawatan, program studi Profesi Ners, program studi Sarjana Administrasi Rumah Sakit, program studi Kebidanan Program Sarjana dan program studi Pendidikan Profesi Bidan Program Profesi (masih menunggu proses SK ijin operasional turun). Adapun 3 (tiga) program studi telah terakreditasi LAM PT-Kes dengan peringkat B pada program studi Diploma Tiga Kebidanan, program studi Sarjana Keperawatan, dan program studi Profesi Ners.